Pemerintah Kabupaten Nunukan mulai menyalurkan bantuan tahap kedua bagi korban banjir dan longsor, berlaku sejak 23 Mei hingga 5 Juni 2025. Sebanyak 1.961 dari total 2.451 paket dikirim ke Sebuku, Sembakung, Sembakung Atulai, dan Lumbis. Distribusi menggunakan kapal LCT dan truk, didukung oleh PMI dan BPBD. Selain bantuan, dilakukan pemetaan dampak bencana serta strategi pemulihan jangka panjang.