Sebagai upaya mencegah risiko penyebaran virus Covid-19 maka hingga hari ini Jumat 8 Mei 2020 Masjid Agung Baitussalam Purwokerto tidak mengadakan kegiatan salat Jumat sesuai anjuran yang berlaku. Sebagai gantinya adalah salat zuhur secara terbatas untuk marbot dan pengurus masjid yang piket tugas.