Pulau Moromaho merupakan zona merah atau zona inti milik Taman Nasional Wakatobi. Dikatakan zona merah karena aktivitas di sini dilarang, aktivitas hanya untuk kepentingan penelitian dan pengawasan. Terbatasnya aktivitas di sini karena keanekaragaman hayati yang dimiliki merupakan flora dan fauna dilindungi oleh undang-undang. Sanksi administratif hingga pidana dapat dikenakan jika melanggar.